Server atau peladen Mastodon menjalankan perisian rangkaian sosial dengan menggunakan piawai ActivityPub yang telah diterapkan sejak peluncuran versi 1.6.[5] Oleh sebabnya, pengguna Mastodon dapat berinteraksi dengan pengguna pelayan lain yang ada di alam sepusat khidmat (Fediverse) yang mendukung ActivityPub.

Sejak versi 2.9.0 Mastodon menawarkan mod kolom tunggal untuk pengguna baru secara lalai.[6] Dalam mod lanjutan, Mastodon mendekati pengalaman pengguna microblogging TweetDeck . Pengguna mengirimkan pesanan status bentuk pendek untuk dilihat orang lain. Pada setiap "toot", setiap pengguna diperbolehkan menggunakan hingga 500 aksara teks melebihi batas 280 karakter yang diizinkan Twitter, meski banyak server Mastodon telah memyalin kod sumber untuk memungkinkan batas aksara yang lebih besar.

Pengguna memilih pelayan Mastodon tertentu yang mirip suatu laman sesawang web tunggal. Pelayan terhubung sebagai simpul dalam jaringan, dan setiap server dapat mengatur aturannya sendiri, hak akaun, dan apakah akan berkongsi pesan ke dan dari server lain. Banyak server memiliki tema yang berdasarkan pada minat tertentu. Merupakan hal yang lumrah jika server berdasarkan kawasan setempat atau negara tertentu.[7][8]

Mastodon menyertakan sejumlah ciri privasi tertentu. Setiap "toots" memiliki empat pilihan privasi yang tersedia, dan pengguna dapat memilih apakah pesan tersebut bersifat awam, tidak tertera pada lini waktu, khusus untuk pengikut atau pesan langsung. Pengguna juga dapat menandai akun mereka sebagai sepenuhnya pribadi. Di timeline, "toots" dapat ditampilkan dengan fitur "peringatan ka dungan" opsional, yang mengharuskan pembaca mengklik konten untuk mengungkapkan sisa pesanan. Server Mastodon telah menggunakan ciri ini untuk menyembunyikan beberan, pemaklum awas, dan kandungan [[[tidak selamat tempat bekerja]] (Not Safe For Work, NSFW), meskipun beberapa akaun menggunakan fitur tersebut untuk menyembunyikan tautan dan pemikiran yang mungkin tidak ingin dibaca orang lain.[2]

Mastodon menampilkan "toots" dalam susur setempat dan sepusat berdasarkan waktu semasa dikirim. Susur setempat menunjukkan pesanan dari pengguna di pelayan yang digunakan, sedangkan garis waktu gabungan menunjukkan pesan di semua selayanan Mastodon yang terlibat. Pengguna dapat berkomunikasi melalui server Mastodon yang terhubung dengan nama pengguna yang formatnya mirip dengan alamat email lengkap.[9]Pada September 2018, dengan dirilisnya versi 2.5 dengan halaman profil awam yang direka ulang, Mastodon meraikan keluarannya yang ke-100.[10] Kemudian, pada akhir Oktober, Mastodon versi 2.6 keluar, memperkenalkan kemungkinan profil terverifikasi dan pratinjau tautan langsung dalam aliran untuk gambar dan video.[11] Sejak Januari 2019, dimungkinkan untuk mencari beberapa tagar sekaligus, alih-alih hanya bisa mencari satu tagar sebelum rilisnya versi 2.7. Versi 2.7 juga memiliki kemampuan moderasi yang lebih kuat untuk administrator dan moderator server, sementara aksesibilitas, seperti warna kontras untuk pengguna dengan masalah penglihatan, juga telah ditingkatkan.[12] Kemampuan pengguna untuk membuat dan memberikan suara dalam jajak pendapat, serta sistem undangan baru untuk mengelola pendaftaran telah terintegrasi pada April 2019.[13] Sejak kelusrnya Mastodon versi 2.8.1 pada Mei 2019, gambar dengan peringatan kandungan, secara lalainya dipaparkan terkabur, bukan disembunyikan sepenuhnya.[14] Penambahan paling signifikan pada fungsionalitas Mastodon pada Juni 2019 adalah tampilan kolom tunggal opsional di versi 2.9.[15] Tampilan ini sekarang ditampilkan secara lalai untuk semua pengguna baru, meskipun dapat diubah ke tampilan berasaskan kolom asli dalam tetapan sediaan Mastodon.

Mastodon versi 3.2 dirilis pada Ogos 2020. Terdapat penambahan dan perubahan fitur seperti pemutar audio yang direka ulang dengan tampian mini khusus dan kemampuan untuk menambahkan catatan peribadi ke profil seseorang.[16]

Pada Julai 2021, aplikasi rasmi untuk sistem kendali iOS dilancarkan. Pihak pimpinan projek menyatakan pengeluaran tersebut merupakan sebahagian usaha menarik pengguna baru.[17] Setakat ini, masih belum ada aplikasi rasmi untuk peranti disokong sistem Android.